Джо Флэниган родился в Лос-Анджелесе 5 января 1967 года. В возрасте шести лет он с родителями переезжает на ранчо неподалеку от Рено (Невада). Его родители, Джон и Нэнси Флэниган, и сейчас живут там. До четырнадцати лет он учился в школе-интернате в Охай (Калифорния). Здесь Джо сыграл Стэнли Ковальского в школьной постановке «Трамвая «Желание» Теннеси Уильямса. Обучаясь в Колорадском университете, он получил степень по истории, и по программе обмена ездил на год в Париж.